Die Evangelische Hilfsgesellschaft (EHG) wurde 1819 gegründet und führte in Ziegelbrücke bis zum Zusammenschluss im heutigen Verein ein Sonderschulheim. 

Die Gemeinnützige Gesellschaft des Kantons Glarus (GGG) wurde 1844 gegründet und führte die Tagesschule Oberurnen und das Sonderschulheim Haltli, die 2004 zum Heilpädagogischen Zentrum Glarnerland fusionierten. Auf Initiative der GGG sind verschiedenste Institutionen entstanden wie die AW Linth (heute glarnersteg), die Lungenliga oder die Höhenklink Braunwald (heute RehaClinic), die mittlerweile selbständige Unternehmungen bzw. Stiftungen sind.

Am 26. August 2009 fassten die Hauptversammlungen der GGG und der EHG die Grundsatzentscheide, die Fusion der beiden Vereine weiter voranzutreiben. Damit wurde für die beiden Sonderschulen, dem Heilpädagogischen Zentrum Glarnerland (HPZ) und der Schule an der Linth (SadL), eine gemeinsame Trägerschaft geschaffen. Eine Bündelung der personellen Ressourcen und der vergleichbaren finanziellen Mittel der beiden Gesellschaften bietet auch Gewähr, längerfristig den Zweckartikeln in den Statuten zu entsprechen.

Am 23. Juni 2010 beschlossen beide Gesellschaften den Fusionsschritt und seit dem 1. Januar 2011 nimmt der neue Verein unter dem Namen «Glarner Gemeinnützige» seine Aufgaben im Rahmen der neuen Statuten wahr.